云南昆明滇池大观楼为马如龙所建

接着杜文秀又与其他回军合作。AD1860年，杜文秀与马龙如联手全歼了云南提督褚克昌的军队，粉碎清军西征。（史称“第二次围省”。当时云南正督抚之争，张亮基、徐之铭因为“抚剿之争”，闹得不可开交。我们再一次见到了老熟人张亮基。而徐之铭则有点无法无天。）如果杜文秀与马龙如能够合作下去，然后东进贵州，联合石达开，说不定能够打出一片天地。但是马如龙终是墙头草，清军给他以高官厚禄的条件，马如龙就投入清军帐下。（连老教棍马德新也投降了。前两次招抚因清总督无诚意，才导致马如龙在咸丰十一年AD1861年九月第三次攻省，总督徐之铭等官绅只得放弃进攻，进行招抚。）

前义军领袖马现马如龙还亲自到各地游说回民首领投降，导致滇东、滇南的起义高潮基本平息下去。（马如龙本质上其实与著名的教主马化龙也是一路货，说投降就可以放弃远大抱负。马如龙说领导起义的目的“只欲报仇，不敢为逆。”马现马如龙的投降甚至成为了一种现象级潮流，导致清廷多次招降西北马化龙。）马如龙还给杜文秀写了劝降信，但是都被杜文秀拒绝了。（在同治元年AD1862年二月马如龙等人放下武器，退还城池，遣散所属各地抗清回民和疏通官道为代价，换取了官阶，马如龙被委任为临沅总兵，杨振鹏等人各授以参将、游击、都司、守备的官职。其后马如龙受云贵督抚徐之铭、潘铎指使，充当“以回治回”的先锋，曾多次写信和派杨振鹏、田庆余、马负图等人去大理说降杜文秀，以高官厚禄引诱。）

次年一月，当地驻军武定参将马荣突然反叛，（史称“灯霄起义”。）率军进攻昆明，马荣指使部将杀死时任云南总督潘铎，老教棍马德新被迫出任云贵总督，马如龙在建水闻变，迅速回师省城，将马荣逐走，马如龙由于复城有功，清廷授予云南提督，给“效勇巴图鲁”称号，从此他更死心塌地报效清廷。同治三年（AD1864年）新任总督劳崇光进剿滇东起义军马联升、马荣部。马如龙率军包围寻甸、曲靖，诱杀了起义军首领马联升、马荣，夺取了寻甸、曲靖。

同治五年（AD1866年）十月以马如龙为首三路“西征”杜文秀义军，由于马如龙和岑毓英不和，力量分散，进军无进展。岑毓英自攻占曲靖后，不愿受马如龙的牵制，想独树一帜，与马如龙抗衡，便借口曲靖乃省垣门户，粮饷所出入，在曲靖驻扎了下来。新任总督劳崇光查知岑毓英、马如龙貌合神离，于是召见了岑毓英。劳崇光要他与马如龙和衷共济，慎守疆土，不要怀挟私愤，贻误大局。劳崇光知道，团练出身的岑毓英此时正受到新任巡抚贾洪昭的暗中支持，所以对招安出身的马如龙疾恶如仇，于是便命令岑毓英率部前往滇黔边境的猪拱菁、海马姑征讨苗新春、苗三春领导的苗民起义军，而把迤西军务，委托给马如龙专门办理。

但劳崇光在西征期间病死，三军士气大溃，最终马如龙退守省城。（当时云南的官场，也是一言难尽。。。什么自杀的刺杀的比比皆是，比如,云贵总督恒春被义军吓得自杀；比如巡抚徐之铭逼走总督张亮基、暗杀布政使邓尔恒；再比如总督潘铎空降好容易降服了徐之铭，却又被参将马荣刺杀。。。最终能打的只剩下底层上来的马如龙和岑毓英。这俩，一个是招安出身，一个是团练出身，天生八字不合。不过，岑毓英终究成长为一代名臣，一般也把他看作是南方系知识分子的一员；而马如龙最终也证明绿绿也是能被招安的。）

AD1867年，杜文秀带领十多万大军东征昆明，到第二年2月，杜文秀大军已经打到了昆明城下。（此时，作为云南布政使的岑毓英正在贵州剿匪，云南政府军只剩下昔日的战友马现马如龙。杜文秀的算盘都打出火花了，他意图占领云南，然后北上四川，与西北回乱打通，连成一片大某某兰国。）此时守卫昆明的却是昔日的袍泽马如龙，（世事无常、大肠包小肠。史称“第三次围省”。此时马如龙已补授云南提督，正是志得意满之时。马如龙于同治五年春天，将昆明名胜遭丁巳之火的大观楼修葺一新。大观楼长联，号称天下第一，既然写到了这里，不能不提。{五百里滇池，奔来眼底，披襟岸帻，喜茫茫，空阔无边！看东骧神骏，西翥灵仪，北走蜿蜒，南翔缟素，高人韵士，何妨选胜登临！趁蟹屿螺洲，梳裹就风鬟雾鬓，更苹天苇地，点缀些翠羽丹霞！莫辜负，四围香稻，万顷晴沙，九夏芙蓉，三春杨柳；数千年往事，注到心头，把酒凌虚，叹滚滚，英雄谁在！想汉习楼船，唐标铁柱，宋挥玉斧，元跨革囊，伟烈丰功，费尽移山心力！尽珠帘画栋，卷不及暮雨朝云，便断碣残碑，都付与苍烟落照！只赢得，几杵疏钟，半江渔火，两行秋雁，一枕清霜。}[中华名城系列之昆明标签]）但也都只剩下些残兵败将，昆明危急。

但作为进攻方，杜文秀却念在宗教一脉上，没有拼死硬攻，给对手留下了喘息的机会。（杜文秀试图劝说马如龙归顺，马如龙反而决心“城存则存，城亡则亡”，“首可断，志不可断”，在获悉守城部将图谋与杜文秀义军内应，则将副将合国安、参将马学林、守备马云龙等捕杀。）之后清兵岑毓英援兵到来，打成为了一场拉锯战，双方在昆明附近反复争夺，消耗越来越大。回军久攻不下，军心也发生了动摇，大量的将领开始投降清军。到AD1869年年底，杜文秀终于承认东征昆明失败，于是带领残余部队退守大理。

AD1870年，大理之战正式爆发，杜文秀拼死抵抗，一直抵抗到了AD1872年夏天。（据说，杜文秀见自己大势已去，只能再次寄希望于外力，再次向英国寻求帮助，结果可想而知，再次遭到了英国人的拒绝。此前，杜文秀就以苏莱曼苏丹的身份，要与英国东西对进瓜分中国。正所谓病急乱投医，杜文秀又去寻求奥斯曼帝国的帮助，只是这时的奥斯曼帝国忙于与沙俄的争斗，自顾不暇的情况下，哪里还能给予杜文秀帮助。）杜文秀见大势已去，决定“请罪伏诛”，服毒自杀，不过对面的主帅云南巡抚岑毓英并未放过百姓，他血洗了大理城。（云南虽平，但因为云南回乱引发的各种事件却更加层出不穷。。。。）

经过此次动荡，云南省人口锐减。据史籍记载，道光十年（AD1830年）云南全省人口6,643,108人，光绪十年（AD1884年）为2,982,664。虽然由此带来了经济凋敝，不过人口爆发带来的资源紧张也就此消失，民族矛盾得以缓解。